Ce chapitre propose d’interroger le principe de séparation des sexes, central dans l’organisation et la gestion du système carcéral, ainsi que ses effets sur les personnes détenues. Alors que la plupart des autres institutions étatiques apparues à l’époque moderne ont aboli la pratique consistant à séparer les individus selon leur sexe, la prison se singularise par le maintien de ce principe organisationnel, au côté d’autres principes, tels que la séparation entre adultes et mineur·es, ou entre prévenu·es et condamné·es. La production scientifique ne s’est, en Suisse, que très peu intéressée à l’impact de ce binarisme institutionnalisé sur l’expérience des personnes incarcérées. Dans cette contribution, nous cherchons à combler cette lacune, en retraçant la généalogie de ce principe, et en questionnant sa composante normative, ainsi que ses effets sur les personnes incarcérées. Nous proposons de conjuguer une analyse historico-juridique de la norme de séparation, centrée sur la Suisse et la France, avec des constats et des réflexions tirés d’un terrain ethnographique en Suisse romande.