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Analyse de la biodiversité des Ancistrus (Siluriformes, Loricariidae) des Guyanes grâce à la méthode de Génotypage Multilocus

Author
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Denomination Travail de maîtrise universitaire en biologie, option systématique et biodiversité
Defense Maîtrise : Univ. Genève, 2012
Abstract Dans le contexte actuel de perte globale de la biodiversité, il est primordial de développer de nouvelles méthodes pour identifier les espèces. Dans ce travail, j'ai optimisé une méthode, appelée «Génotypage Multilocus», qui permettra l'identification des espèces de poissons-chats de la famille des Loricariidae, rapidement et à faible coût, à l'aide d'une simple procédure d'hybridation sur macroarray. J'ai évalué différentes conditions d'expériences pour renforcer le signal sur la membrane macroarray, dans le but d'obtenir un maximum de sensibilité, tout en gardant la procédure aussi peu coûteuse que possible. Afin d'explorer les analyses consécutives aux génotypages, j'ai également généré in silico les profils de génotypage de 56 individus appartenant au genre Ancistrus. J'ai montré qu'on pouvait classer un spécimen dans une des 7 lignées d'Ancistrus guyanais déjà décrites, et qu'il est possible d'identifier correctement les deux lignées parentales d'un génotype panaché issu d'un événement d'hybridation inter-spécifique. Ces résultats ont montré qu'il est possible de révéler la présence d'un marqueur dans un génome à partir d'une extraction d'ADN total sans aucune forme d'amplification, en la confrontant à une série de marqueurs disposés sur une membrane macroarray et en utilisant la chemiluminescence comme révélateur de l'hybridation. A terme, cette méthode sera utilisée avec plus d'une centaine de marqueurs, ce qui permettra une identification plus précise des lignées. Cette nouvelle méthode n'a aucune limite taxonomique, ce qui ouvre un champ de perspectives très intéressant, car elle pourra être utilisée pour d'autres organismes non-modèles.
Keywords AncistrusBiodiversitéGénotypageMacroarrayGuyane
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FISCHER, Tamara. Analyse de la biodiversité des Ancistrus (Siluriformes, Loricariidae) des Guyanes grâce à la méthode de Génotypage Multilocus. Université de Genève. Maîtrise, 2012. https://archive-ouverte.unige.ch/unige:18692

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Deposited on : 2012-03-06

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