Depuis quelques années, la phylogénie moléculaire, c'est-à-dire l'étude des relations évolutives entre les êtres vivants en comparant des séquences d'ADN ou d'acides aminés, a profondément modifié notre vision de l'arbre des eucaryotes. Le schéma qui est actuellement accepté par le plus grand nombre voit cinq assemblages majeurs d'organismes regroupant toutes les espèces d'eucaryotes : ce sont les ‘super-groupes' (unikonts, excavates, Plantae, chromalveolates et Rhizaria). Si l'existence de ces super-groupes fait figure de consensus, les relations phylogénétiques qui les lient sont encore très incertaines. La phylogénomique est un nouvel outil de la biologie évolutive permettant d'adresser d'importantes questions qui étaient jusque-là restées sans réponse, faute d'information suffisante. Grâce à l'accumulation de données génomiques, il devient en effet possible d'utiliser un nombre toujours plus important de marqueurs moléculaires (gènes ou protéines) pour une diversité croissante d'organismes en vue de reconstruire les relations phylogénétiques à l'échelle des eucaryotes. Les récentes publications d'études relatant les analyses d'immenses alignements multigéniques (plus de 120 gènes concaténés) englobant tous les super-groupes ont montré qu'il était désormais possible de remonter toujours plus loin dans le temps et de résoudre des relations évolutives pour lesquelles seul un très grand nombre de données contient un signal suffisant.