L'analyse spatiale du site du Petit-Chasseur s'est essentiellement focalisée sur l'occupation principale attribuée au Cortaillod type Petit-Chasseur, qui a livré l'habitat le plus complet. Datée vers 4000-3800 av. J.-C., cette occupation centrée sur les chantiers II et IV comprend au moins trois bâtiments destinés à l'habitation et une construction qui peut être liée au parcage du bétail. Distantes d'environ 6 mètres, les trois maisons parallèles semblent cependant de conceptions très différentes, autant dans leurs dimensions que dans leur structure architecturale. La phase récente qui se situe vers 3800-3600 av. J.-C., comprend au moins deux unités d'habitation, l'une située au Petit-Chasseur I, l'autre au Petit-Chasseur II, sans que l'on puisse mettre en évidence un plan de bâtiment. A l'ouest de la fouille, sur le chantier IV, un grand muret éboulé correspondant à la consolidation d'une terrasse, peut-être de mise en culture, semble marquer la limite occidentale de l'habitat.