Pour identifier l’IE, nous nous basons sur l’étude de quatre piliers : 1) la distribution de la biodiversité, ou plus spécifiquement de la diversité des espèces et les habitats ; 2) la connectivité structurelle, c’est-à-dire une description physique des milieux naturels du territoire, et ; 3) la connectivité fonctionnelle qui correspond à l’utilisation effective du territoire par les animaux et qui est parfois regroupée avec la connectivité structurelle pour ne former qu’un troisième pilier; 4) la production de services écosystémiques de régulation; La méthodologie générale est d’étudier ces quatre piliers séparément, puis d’identifier des surfaces qui regroupent au mieux les valeurs élevées de ces quatre piliers sur une surface fixée à 30% du territoire par les politiques publiques sur la biodiversité.