En s'appuyant sur les données du sur-échantillon PISA Suisse 2003, cet article questionne la nature, l'ampleur et les sources des inégalités scolaires en Suisse. Nos résultats soulignent tout d'abord que le principe le plus structurant des inégalités scolaires est l'origine socioéconomique des élèves et que ces inégalités n'ont pas la même ampleur dans chaque canton. Ils montrent ensuite que les inégalités entre cantons sont en grande partie liées aux différences de rythme des parcours scolaires : l'âge moyen des élèves est très variable d'un canton à l'autre. Lorsque cette dimension est neutralisée par une analyse multiniveau, le canton perd une grande partie de sa capacité explicative et les performances comparées des cantons s'en trouvent nettement bouleversée. Enfin, nous montrons que les inégalités scolaires sont fortement corrélées à l'ampleur de la ségrégation sociale dans les filières de chaque système éducatif cantonal.