Les infections virales sont des complications fréquentes post-transplantation, souvent associées à une virémie et une importante morbi-mortalité. Le séquençage à haut débit a élargi le champ des investigations avec l’identification de nouveaux virus. Nous avons réalisé une revue systématique concernant la prévalence de détection dans le sang de virus ADN/ARN chez les patients transplantés d’organe solide et de cellules souches. L’accent est porté sur des virus récemment identifiés ou dont les manifestations cliniques sont débattues (Polyomaviridae, Anelloviridae, Flaviviridae et Astroviridae). Dans une deuxième étude, des séquences virales cliniquement non-reconnues ont été identifiées par séquençage à haut débit dans le plasma de 28% de patients allo-greffés atteints de maladie greffe-contre-hôte. Finalement, une étude concernant la prévalence et dynamique d’infections par 17 virus ADN et 3 ARN chez des patients allo-greffés révèle que la détection dans le plasma de certains nouveaux virus est plus fréquente que celle des virus recherchés en routine.