Les maladies cardiovasculaires (CVD) représentent la cause principale de morbidité et de mortalité dans les pays occidentaux. Induites par de multiples facteurs de risque tels que l'obésité, l'hypertension ou encore la dyslipidémie, ces maladies entraînent une modification complexe de nombreuses voies physiologiques durant laquelle les lipides et les protéines vont jouer un rôle primordial. L'identification et la quantification de ces "acteurs" biologiques, est donc d'une grande importance afin d'ouvrir de nouvelles voies thérapeutiques mais aussi de rechercher des marqueurs caractéristiques de la maladie représentant un enjeu capital pour le dépistage précoce, le diagnostic et le pronostic. Le but de ce travail de thèse fut de développer de nouvelles stratégies lipidomiques et protéomiques basées sur l'utilisation de la spectrométrie de masse pour l'étude des CVD, dont principalement l'athérosclérose, dans le but d'apporter de nouvelles informations moléculaires, non accessibles jusque-là.