Les principes de base de l'éthique guidant la pratique médicale dans les lieux de détention sont les mêmes que pour la pratique médicale en milieu libre: le respect de l'autonomie, la bienfaisance, la non-malfaisance et la justice. De ces principes découle l'importance centrale du consentement éclairé et de la confidentialité. Pour évaluer toute décision médicale en médecine pénitentiaire, le personnel de santé doit toujours se demander quel traitement un patient aurait reçu en liberté et assurer un traitement comparable au patient détenu souffrant de la même maladie (principe d'équivalence des soins). Quand les exigences d'autres partenaires (administration pénitentiaire, autorité judiciaire) introduisent des conflits entre objectifs médicaux et sécuritaires/judiciaires, des connaissances claires concernant les obligations professionnelles et l'éthique médicale sont indispensables afin d'éviter des dérapages éthiques en médecine pénitentiaire.