Ce travail décrit l'élaboration d'une méthode LC-MS/MS couplée à un logiciel performant et innovant pour la recherche générale de substances inconnues (screening) en tant qu'alternative aux méthodes utilisées en toxicologie clinique. Ce nouveau logiciel d'identification de petites molécules "SmileMS" a été développé en collaboration avec la société Genebio SA. La première partie du travail explique le développement technique de la méthode ainsi que son évaluation à l'aide de 97 composés et métabolites importants. L'étude des effets matrices et la détermination des concentrations limites d'identification est réalisée avec ces composés. Les résultats obtenus dans des échantillons biologiques à l'aide de la méthode LC-MS/MS sont comparés à ceux obtenus avec le système Remedi® (LC-DAD) dans la deuxième partie. En conclusion, la méthode proposée fournit une alternative au système Remedi® pour le laboratoire de toxicologie clinique d'urgence. De plus SmileMS favorise son implémentation dans le travail de routine.