L'abondance de données de séquence a permis d'aborder des problèmes biologiques au niveau du génome entier (par opposition, par exemple, à l'étude d'une seule famille de gènes). De nouvelles méthodes phylogénétiques, de même que la puissance croissante des ordinateurs, ont rendu possible l'utilisation de l'information à l'échelle génomique pour construire des phylogénies (qui peuvent à leur tour être utilisées dans l'étude des génomes), donnant naissance à la phylogénomique. Mais l'abondance même des données pose aussi des défis techniques: les procédés d'analyse doivent être entièrement automatisés, les outils logiciels doivent être capables de traiter des ensembles de données plus grands que jamais, et les temps de calcul doivent rester raisonnables. En d'autres termes, le présent travail aborde le problème de la phylogénomique à haut débit.