Le mélange des populations de confessions ou religions différentes en Suisse prend son essor au moment même où se construit l'école publique et obligatoire. La potentielle présence d'élèves d'origine catholique et protestante dans les mêmes classes a un impact considérable sur la construction de l'école au 19e siècle. Cette mixité doit en effet être prise en compte dans les législations comme dans les pratiques scolaires. Quel est son impact sur l'instruction morale et civique qui se met en place partout à partir de 1848 ? Comment s'organisent le catéchisme et l'instruction religieuse ? Cet article examine ces différentes problématiques en se posant la question du rapport entre morale, instruction civique et transmission religieuse dans les systèmes scolaires de Suisse romande. Il montre entre autres que le catéchisme chrétien continue au 20e siècle à jouer un rôle essentiel dans la formation morale des futur·e·s citoyen·ne·s.