Si l'apparition de la céramique au début de l'Holocène ancien amorce un tournant considérable dans les relations entre populations et environnement, de nouvelles et profondes mutations des modes de vie vont intervenir à Ounjougou au cours de l'Holocène récent, à partir de 3500 av. J.-c., alors que les conditions climatiques se dégradent peu à peu dans les zones sahariennes et sahéliennes. Entre 2500 et 1200 av. J.-C., les pluies diminuent et plusieurs épisodes d'intense sécheresse surviennent. Durant cette même période, on constate alors en Afrique de l'Ouest non seulement l'apparition de nouvelles stratégies de subsistance, mais aussi d'importants mouvements de populations du Sahara vers le Sud, coïncidant avec un retrait graduel dans la même direction des types de végétation favorables au pastoralisme et des ressources en eau naturellement accessibles. Le Néolithique récent d'Ounjougou correspond à la période au cours de laquelle le plateau dogon est confronté à ces phénomènes.