Cette thèse porte sur l'étude des facteurs évolutifs contribuant à la distribution du polymorphisme du complexe des antigènes leucocytaires humains (HLA). Utilisant des données moléculaires HLA issues de séquençages ADN, il vise à apporter des éléments de réponse sur l'importance de tels facteurs, selon trois niveaux d'analyse. Le premier niveau concerne les mécanismes susceptibles de générer de la diversité HLA au sein des populations, conduisant, par exemple, à l'apparition de nouveaux allèles. Le second niveau se concentre sur la façon dont s'est distribuée cette diversité entre les différentes populations humaines, au travers de l'histoire du peuplement et de ses mécanismes, à savoir les migrations et la dérive génétique mais aussi la sélection naturelle. Le troisième niveau s'intéresse aux mécanismes qui ont pu faire varier ce polymorphisme au sein de diverses espèces (humain et chimpanzé) sur une échelle de temps plus longue, conduisant, par exemple, à l'apparition de nouveaux gènes.