Lors de la dernière glaciation, le glacier du Rhône a atteint la région de Lyon et recouvert les lacs du Bourget, d'Annecy et le Léman. Son retrait a successivement libéré les lacs du Bourget, d'Annecy, puis le Léman de leur carapace de glace. Aux environs de 14 000 ans B.P. son front se trouvait au voisinage de Genéve, puis vers 12 000 B.P. à l'embouchure du Rhône en amont du Léman. La chronostratigraphie des grandes carottes (6 m) prélevées dans les trois lacs a été établie par la palynologie, sur la base des zonations obtenues dans un profil complet provenant d'un marais situé entre Nyon et le pied du Jura. Elles ont pu être contrôlées par un marqueur palynologique dans le lac du Bourget (150 B.P.) et la datation au ¹⁴C d'un fragment de bois dans le Léman (3 230 ± 65 B.P.). Une série de carottes de grand diamètre provenant de ce dernier lac, datés par le ¹³⁷Cs, ont donné une image très précise de l'évolution du milieu durant les dernières décades. D'une façon générale, toutes les carottes montrent une augmentation des teneurs en matière organique, puis en nutrients, vers le fin du 19ème siècle pour le Léman et quelques dizaines d'années plus tard pour les lacs du Bourget et d'Annecy. Le début du l'eutrophisation se situe beaucoup plus tard dans le Léman avec l'accroissement des teneurs en phosphore, principalement de ses formes NAI-P et O-P, soit aux environs de 1965.