Le concept de la biodiversité a vu sa popularité croitre ces dernières années, non seulement chez les scientifiques mais également chez les médias et a travers des publications d'intérêt général. La perte de biodiversité est constatée non seulement dans la forêt tropicale humide, mais aussi en Suisse, au niveau des prairies maigres et des zones marécageuses. Malgré les intérêts nationaux et internationaux croissants pour la biodiversité des organismes supérieurs, l'importance du maintien de la biodiversité des microorganismes est négligée non seulement par les politiciens de l'environnement mais aussi par beaucoup de chercheurs! II n'existe pas de liste rouge et le manque de microorganismes dans un écosystème ne nous frapperait probablement pas. Mais l'existence d'une diversité microbienne est une condition absolue pour le fonctionnement d'une Terre saine. Sans leur rôle de décomposeurs, nous serions étouffés par nos déchets. L'inventaire des bactéries est incomplet, seulement quelques 3'000 espèces sont caractérisées, ce qui correspond a un faible pourcentage de la flore microbienne estimée. Seuls les organismes ayant une importance économique sont habituellement bien connus ainsi que quelques agents de maladies humaines et animales, et les producteurs d'antibiotiques ou d'autres substances utiles. Mais parmi les espèces non étudiées, il existe un énorme potentiel a découvrir! Les systèmes aquatiques et terrestres présentent une grande diversité microbienne, mais souvent sont insuffisamment caractérisés. A l'occasion des différents accidents de déversement d'hydrocarbures en mer, on a toujours vu que dans ces changements dramatiques une multitude de nouveaux microorganismes se développent, et ce "consortium", en un temps assez réduit, réussit à digérer la pollution. Plusieurs formes nouvelles ont été trouvées dans des sources chaudes au fond des mers (black smokers). Certains vers peuvent vivre a de hautes concentrations toxiques d'hydrogène sulfure grâce a des bactéries symbiotiques. La diversité microbienne a été découverte non pas par l'isolement des organismes mais seulement sur la base des différences de séquences des ARN ribosomaux. Avec des sondes spécifiques, on peut trouver des différences au niveau même de l'espèce pour identifier «in situ» des organismes dans l'environnement naturel. Mais si nous devions vraiment connaître le potentiel physiologique des organismes, leur polyvalence biochimique, il faudrait étudier des cellules vivantes en culture pure ou mixte. L'étude de la diversité microbienne apporte, en plus de l'augmentation des connaissances de base, un énorme potentiel commercial. Déjà aujourd'hui, plusieurs produits d'usage quotidien sont fabriqués avec des enzymes microbiens. Les enzymes thermostables deviennent toujours plus importants dans la synthèse chimique et l'utilisation croissante de l'amplification de l'ADN par la PCR dans toutes les sciences biologiques est remarquable. L'extinction d'une espèce d'organismes n'est pas facile a mettre en évidence. La protection de la diversité chez les organismes supérieurs est liée à la protection des grands habitats. Ainsi des microorganismes vont certainement disparaitre avec la destruction des forêts tropicales. Tant que nous n'avons pas à disposition des inventaires de référence, la portée de ces changements de l'environnement sur la survie des microorganismes dans les habitats naturels ne peut pas être évaluée. Comme Barry Marrs disait, «Un inventaire global du génome sans égard du monde des microorganismes serait comme un dictionnaire ou manquent les lettres de A à Y»!