Dans la procédure pénale en revanche, le contribuable a le droit de ne pas s'auto-incriminer en vertu du principe «nemo tenetur se ipsum accusare» ancré à l'art. 6 § 1 CEDH. Il en découle que les moyens de preuve recueillis dans la procédure en rappel d'impôt ne peuvent pas être utilisés dans la procédure pénale pour soustraction d'impôt s'ils ont été obtenus sous la menace d'une taxation d'office ou d'une amende pour violation d'une obligation de procédure (art. 183 al. 1bis LIFD). À l'inverse, l'autorité ne peut procéder à une taxation d'office en procédure de rappel d'impôt que si elle a au préalable sommé le contribuable (art. 130 al. 2 LIFD).