L'activité de l'IBS à Lugano se déroule en 4 secteurs principaux: le diagnostic microbiologique, l'expertise, l'enseignement et la recherche. L'IBS traite par année environ 50'000 échantillons cliniques provenant d'hôpitaux, de cliniques et de cabinets médicaux, et sur lesquels sont réalisées des analyses de bactériologie, de mycologie, de parasitologie et de sérologie. Ainsi l'IBS est dans une situation privilégiée pour contribuer à la surveillance épidémiologique des maladies transmissibles chez l'homme. De plus, l'Institut est reconnu par l'OFSP comme laboratoire de confirmation pour le SIDA pour la Suisse italienne. L'activité d'expertise est exercée en faveur des secteurs privé et public. On peut par exemple mentionner la détermination de l'activité antibactérienne de nouvelles molécules mises au point par l'industrie pharmaceutique, ou les analyses bactériologiques de l'eau du Lac de Lugano, effectuées pour la Commission internationale pour la protection des eaux italo-suisses. En plus de l'activité d'enseignement exercée par le directeur et le directeur-adjoint à l'Université de Genève, l'IBS organise ou participe à des cours post-gradués pour les étudiants de l'Université de Genève, aussi en collaboration avec l'EPFL, le Polytechnique de Milan et l'Institut d'hydrobiologie de Pallanza (Italie). Par ailleurs, des étudiants en sciences, en médecine humaine et vétérinaire accomplissent régulièrement leurs travaux de diplôme ou de doctorat à l'Institut. Enfin, l'IBS organise les travaux pratiques pour l'Ecole cantonale de laborants médicaux, ainsi que des cours de formation continue pour les enseignants en sciences du Canton. En outre, la gestion et la coordination du Centre de biologie alpine de Piora est confiée à l'Institut. Concernant la recherche, deux voies principales sont developpées à l'Institut: l'écologie microbienne et la génétique des populations bactériennes. Les recherches réalisées en écologie microbienne (Aeromonas, Legionella, Yersinia) ont abouti notamment à la création, auprès de l'Institut en 1990, du "Laboratoire d'écologie microbienne" de l'Université de Genève. Les recherches réalisées dans le domaine de la génétique des populations (Shigella, Campylobacter. Listeria, Borrelia) en collaboration avec des instituts suisses et étrangers ont aboutis à de nombreuses publications dans des revues internationales.