Les chapitres 12 à 16 des Actes de Pilate forment un ensemble cohérent organisé autour de la figure de Joseph d'Arimathie, emprisonné par les juifs et libéré miraculeusement par Jésus ressuscité. Cette « histoire de Joseph d'Arimathie », attestée dans d'autres textes anciens, est quasi autonome par rapport à la première partie de l'œuvre. Elle est racontée à la fois du point de vue des juifs et par des trois discours de témoins qui font le récit de la résurrection, de l'ascension et, par Joseph lui-même, de sa libération de prison. Les indications de temps présentes dans les manuscrits grecs comme dans les différentes versions des Actes de Pilate montrent une chronologie chaotique des événements : malgré leur abondance, il est difficile de situer relativement l'emprisonnement de Joseph, sa libération et la résurrection ; cette confusion peut être la trace de débats anciens sur le moment de la résurrection, comme l'est l'importance particulière conférée à Joseph, présenté comme le premier témoin de Jésus ressuscité. Dans son discours final, Joseph raconte sa rencontre avec le Jésus à la manière d'une scène de baptême dans laquelle, nouveau Noé, il est le juste et le premier bénéficiaire de la Nouvelle alliance.