De 2014 à 2016, la lutte contre la maladie à virus Ebola a provoqué une série de controverses liées au régime d'intervention auprès des populations en Afrique de l'Ouest. Dans cette crise, les Médecins Sans Frontières (MSF) et les experts de l'Organisation Mondiale de la Santé(OMS) ont tout particulièrement occupé le devant de la scène. Ces deux poids lourds du système de santé globale se sont affrontés au sein d'arènes de négociation techniques sur le terrain de l'efficacité de la réponse, sur les moyens d'endiguer l'épidémie, sur l'attitude à adopter face aux populations affectées. Les tensions révèlent les implicites de modes d'intervention génériques difficilement remis en cause par les acteurs de la réponse. L'objectif dans cet article est de déployer une analyse capable de présenter une incarnation des débats en actes autour de trois controverses concrètes : i) la lenteur de réaction de l'Organisation Mondiale de la Santé à déclarer une urgence de santé publique de portée internationale ; ii) la mise à jour des protocoles concernant les Equipements de Protection Individuelle (EPI) utilisés sur le terrain par les soignants ; et iii) le non-engagement principalement de l'organisation MSF dans des solutions alternatives au centre de traitement centralisé. En conclusion, on présentera comment des savoirs importants pour l'action, venant en particulier des anthropologues semblent avoir été oubliés au moment d'enclencher les interventions d'urgence, avec comme conséquence d'handicaper les modalités de déploiement de la réponse internationale à une épidémie sans précédent.