La question de la légitimité et de la faisabilité de l'examen religieux – l'un des sujets principaux de la controverse confessionnelle en France au xviie siècle – traverse l'ensemble du corpus baylien. Étroitement lié à des questions cruciales comme celle de la nature des vérités divines, des dispositions éthiques du croyant et du statut de la Bible, l'examen religieux est en réalité pour Bayle un oxymore, qui tente de concilier ce qui est antithétique, à savoir l'examen philosophique et la croyance.