Cet article analyse l'évolution des inégalités scolaires en Suisse entre 2003 et 2012, sur la base des enquêtes PISA Suisse. Nous montrons tout d'abord que les différents cantons peuvent différer fortement au plan de leur efficacité - le niveau scolaire moyen des élèves à la fin de la scolarité obligatoire – et de leur équité– l'ampleur des inégalités d'acquis en fonction du niveau socioéconomique de la famille. Nous comparons ensuite deux modes de regroupement des élèves dans les établissements et les classes. D'un côté les systèmes segmentés, dans lesquels les élèves sont scolarisés dans des filières différentes en fonction de leur niveau scolaire, de l'autre, les systèmes intégrés qui scolarisent les élèves dans les mêmes classes, quel que soit leur niveau scolaire. Il apparait que les cantons fonctionnant avec un système segmenté tendent à renforcer les inégalités d'acquis entre élèves. Pour expliquer ce résultat, nous mettons en avant le rôle de la ségrégation scolaire. En séparant les élèves en fonction de leur niveau scolaire, les filières les séparent aussi indirectement en fonction de leurs caractéristiques sociales, ce qui a un impact sur l'offre d'éducation adressée aux élèves de différents milieux sociaux. Cette contribution s'inscrit dans le projet de recherche « Comment organiser l'enseignement secondaire obligatoire ? Une étude des réformes scolaires et de leurs effets dans trois cantons romands »