L'histoire des substances et des déchets toxiques a commencé au cours de l'Antiquité avec l'extraction et le raffinage du plomb, du cuivre, de l'étain et d'autres métaux. Le cas du saturnisme des Romains rappelle les conséquences d'une intoxication à grande échelle. Mais l'extraction de l'or à l'aide de mercure a également fait histoire. Par ailleurs, les dommages environnementaux et les problèmes de santé liés à cette ancienne activité minière sont souvent dus aux résidus d'extraction et de raffinage des métaux. Cette histoire des substances et des déchets toxiques arrive à un tournant dans la deuxième moitié du XIXe, mais surtout au cours du XXe siècle, avec l'apparition de la chimie de synthèse et le développement massif de l'industrie chimique. C'est en relation avec ces événements que l'on découvre de nouveaux problèmes, d'une ampleur jusqu'ici inconnue, avec des impacts à l'échelle globale pour la santé humaine et l'environnement. Et alors que ces problèmes ont été reconnus en théorie, leur importance effective a pendant longtemps été sous-estimée et n'a, en conséquence, pas été prise en compte de façon adéquate. Comme les industries chimiques avaient besoin de grandes quantités d'eau pour leurs processus de fabrication, elles étaient souvent construites directement sur les rives des rivières et des lacs. Les eaux usées, mais également des résidus solides ont alors été rejetés directement dans les eaux naturelles. De tells pratiques ont été documentées en détail dans le cadre de recherches historiques. C'est ainsi que commence l'histoire des déchets chimiques qui conduira plus tard au stockage de substances toxiques pratiqué jusqu'à nos jours dans des mines souterraines, souvent désaffectées. De nos jours, ce sont principalement des déchets hautement toxiques qui sont déposés, comme des déchets mercuriels, des sels d'arsenic et des résidus d'autres métaux lourds comme le plomb, le cadmium ou le nickel, ensuite des sels de trempe issus de la métallurgie, des déchets cyanurés, des résidus galvanoplastiques, des résidus issus d'assainissements de sites contaminés en surface ou d'anciennes décharges à déchets spéciaux et bien d'autres. Cet article revoit l'histoire de l'enfouissement des déchets toxiques dans des dépôts géologiques profond. Il rappelle notamment les problèmes rencontrés et les perspectives d'avenir de cette méthode d'élimination des déchets.