Genome-wide CRISPR/Cas9 screen identifiesAVEN as a novel regulator of APR-246 in neuroblastoma

Diplôme Master Genome-wide CRISPR/Cas9 screen identifiesAVEN as a novel regulator of APR-246 in neuroblastoma eng 2026-07-29 2026-07-30 author Nunes De Sousa Mélissa 920287 director Ansari Djaberi Marc Georges 61572 Département de Pédiatrie, Gynécologie et Obstétrique (PETRI) 60 Neuroblastoma (NB) is the most common extracranial solid tumour in childhood, and MYCN-amplification is one of the strongest predictors of poor prognosis. MYCN-amplified NB cells show chronic oxidative stress and are therefore dependent on adaptive stress response pathways, which could be therapeutically targeted. APR-246, a drug that induces oxidative stress and ferroptosis, has shown preclinical promise, but what determines the sensitivity remains unclear. A genome-wide CRISPR/Cas9 screen under APR-246 treatment identified AVEN as a candidate gene whose loss increased APR-246 sensitivity. Validation by shRNA knockdown in MYCN-amplified (SKNDZ) and non MYCN-amplified (SHSY5Y) NB cell lines confirmed that AVEN depletion increased the sensitivity to APR-246, while AVEN overexpression increased the resistance. SKNDZ cells showed higher basal ROS levels and increased APR-246 sensitivity. AVEN loss further disturbed redox balance in this context. AVEN depletion also affected proliferation and increased the sensitivity to the ferroptosis inducer RSL3. This phenotype was rescued by Ferrostatin-1 (ferroptosis inhibitor) but not by apoptosis or necroptosis inhibitors, indicating a role in ferroptosis protection. Phosphoproteomic and transcriptomic assays revealed activation of stress-response signalling pathways, suppression of the AKT/mTOR pathway and a general downregulation of proliferative and biosynthetic pathways following AVEN depletion. These findings support AVEN as a regulator of ferroptosis resistance in NB, especially in the context of MYCN-amplification. Le neuroblastome (NB) est la tumeur extra-crânienne la plus fréquente chez l’enfant, et l’amplification de l’oncogène MYCN est l’un des facteurs les plus marquants d’un mauvais pronostic. Les neuroblastes présentant une amplification de MYCN sont soumis à un stress oxydatif chronique et dépendent donc de voies adaptives de réponses au stress, qui pourraient constituer des cibles thérapeutiques. APR-246, un agent induisant un stress oxydatif et la ferroptose, s’est révélé promeƩeur en phase préclinique, mais les facteurs déterminant la sensibilité à ce traitement restent peu clairs. Un criblage CRISPR/Cas9 à l’échelle du génome réalisé sous traitement par APR-246 a identifié AVEN comme un gène candidat, dont la perte augmentait la sensibilité des neuroblastes à APR-246. La validation par inhibition par shRNA dans des lignées cellulaires de NB présentant une amplification de MYCN (SKNDZ) ou non (SHSY5Y) a confirmé que la déplétion d’AVEN augmentait la sensibilité à APR-246, tandis que la surexpression d’AVEN augmentait la résistance. Les cellules SKNDZ présentaient des niveaux basaux de ROS plus élevés et une sensibilité accrue à APR-246. La perte d’AVEN a encore plus perturbé l’équilibre redox dans ce contexte. La déplétion d’AVEN a également affecté la prolifération et augmenté la sensibilité à l’inducteur de ferroptose RSL3. Ce phénotype a été sauvé par la ferrostatin-1 (inhibiteur de ferroptose) mais pas par les inhibiteurs de l’apoptose ou de la nécroptose, ce qui indique un rôle d’AVEN dans la protection contre la ferroptose. Des analyses phosphoprotéiniques et transcriptomiques ont montré une activation de voies de signalisation de réponse au stress, une suppression de la voie AKT/mTOR et une baisse générale des voies prolifératives et biosynthétiques à la suite de la déplétion en AVEN. Ces résultats soutiennent le rôle d’AVEN en tant que régulateur de la résistance à la ferroptose dans le NB, en particulier dans le contexte de l’amplification de MYCN Neuroblastoma Pediatric cancer CRISPR-Cas9 screen AVEN Dewey 618 Dewey 570 Master in Molecular Genetics and Biosciences 7daed2ee-1311-4824-9df9-2e51260a966a Département de biologie moléculaire et cellulaire 16484 58 Département de pédiatrie, gynécologie et obstétrique 223 false 564 Oncologie et hématologie pédiatriques 907 ca099862-a486-4d8a-b165-950efd89d5f6 Master thesis Restricted NunesDeSousaMélissa_MasterThesis_Fu.pdf 3063492 application/pdf edd4531e8023ff7e79ca91fb158384b8a7ad682fe0f6efa6e4432496bddb12a4 restrictedAccess Faculté des sciences / Section de biologie / Département de biologie moléculaire et cellulaire Faculté de médecine / Section de médecine clinique / Département de pédiatrie, gynécologie et obstétrique

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Genome-wide CRISPR/Cas9 screen identifiesAVEN as a novel regulator of APR-246 in neuroblastoma				2026	1	0

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