Effet de la variance spatiotemporelle au sein d'un échantillon d'ADN ancien lors de sa comparaison avec une population moderne

Diplôme Master Effet de la variance spatiotemporelle au sein d'un échantillon d'ADN ancien lors de sa comparaison avec une population moderne fre 2020-06-01 2020-06-01 author Schor Cyril Philippe 817259 director Currat Mathias 0000-0001-5211-8922 89701 Département de génétique et évolution (Genev) (BIANI) 142 La découverte et l’étude des fossiles a toujours été un sujet qui a concerné les scientifiques, apportant des informations inestimables sur l’histoire de l’humain. L’avènement de la génétique a permis de compléter ces informations avec de nouveaux axes de recherche, notamment par l’étude des populations modernes, et plus récemment par l’extraction d’ADN provenant des fossiles et appelé ADN ancien. Ainsi l’extraction et l’analyse de cet ADN ancien a permis aux chercheurs d’explorer l’histoire de la vie d’une nouvelle manière. Ceci est vrai en particulier pour l’histoire des humains, dont plusieurs moments clés n’ont pas encore été résolus à ce jour, que les restes fossiles peuvent potentiellement nous permettre de comprendre. Néanmoins, la rareté des fossiles humains et leur grande dispersion à travers l’Afrique, l’Asie et l’Europe rendent le travail des paléogénéticiens très difficile. En effet, la comparaison de populations anciennes n’est possible que si les échantillons récoltés sont représentatifs de leurs populations respectives, ce qui n’est pas forcément le cas lors de l’analyse d’un échantillon de petite taille. De plus, les outils de la génétique ayant été développés et optimisés pour l’analyse d’échantillons homogènes situés à une même époque (moderne) et sous certaines conditions, on peut se demander si leurs usages ne seraient pas limités voire altérés lors de l’analyse d’échantillons ne provenant pas tous d’une même époque ou ne remplissant pas ces conditions. Dans le but de tester la validité de l’un de ces outils, l’indice de différentiation génétique entre populations, Silva <i>et al</i>. a effectué une étude sur l’effet de la variance spatiale ou temporelle des individus regroupés dans un échantillon ancien lors de sa comparaison avec un échantillon moderne. Cette étude basée sur l’analyse de données d’ADN simulé dans un cadre spatialement explicite, a permis de mettre en évidence certains points faibles de l’indice lors de l’analyse d’échantillons spatialement hétérogènes et situés à des périodes différentes. Cependant, certains de ces biais ont été décrits de manière succincte, sans analyse approfondie. Mon travail s’inscrit dans la suite de cette étude, et son but est d’explorer plus en détail les effets des variances spatiale et/ou temporelle au sein d’un échantillon ancien sur le calculé entre cet échantillon ancien hétérogène et un échantillon moderne homogène. Les résultats que j’ai tirés de mes nombreuses expériences m’ont permis de montrer que la dispersion de l’échantillon ancien à travers le temps ou l’espace affecte le de manière prédictible. J’ai effet pu reproduire, compléter et expliquer en détails les résultats de Silva <i>et al</i>. Cependant, l‘intéraction des nombreux critères rendent cette prédiction très compliquée lorsqu’ils sont étudiés en même temps. Par ailleurs, l’étude d’un échantillon ancien possédant une variance à la fois spatiale et temporelle a montré que l’impact de la variance temporelle peut être négligé par rapport à celui de la variance spatiale. Les résultat obtenus durant mon travail, bien que portés sur la comparaison entre un échantillon moderne et un échantillon situé à la période du Néolithique, sont extrapolables à toutes les comparaisons entre deux échantillons d’époques différentes, humains ou d’autres espèces, et participent donc au développement des méthodes d’analyses spécifiques à l’ADN ancien. Variance spatiotemporelle ADN ancien Fst Génétique des populations Simulations spatiallement explicites Dewey 590 Master bi-disciplinaire, majeur Biologie, mineur Mathématiques 44 Département de génétique et évolution 162 false 682 Laboratory of Anthropology, Genetics and Peopling history (AGP) 828 Groupe Currat c7c620b5-9399-4134-8646-1ae979bd7484 Master thesis Restricted Travail_de_Master_-_Cyril_Schor.pdf 30259497 application/pdf a257a87d53451ff2b457b5b9f87116dbd75b7733a76152fae61522bffdc328fc restrictedAccess Faculté des sciences / Section de biologie / Département de génétique et évolution

Title	Published in	Access level	OA Policy	Year	Views	Downloads

Effet de la variance spatiotemporelle au sein d'un échantillon d'ADN ancien lors de sa comparaison avec une population moderne				2020	9	0

Archive ouverte UNIGE

Schor, Cyril Philippe