Molecular Dissection of the Spatio-Temporal Regulation of DNA Replication in Saccharomyces Cerevisiae

Diplôme Master Molecular Dissection of the Spatio-Temporal Regulation of DNA Replication in Saccharomyces Cerevisiae eng 2015 author Hafner Lukas 730552 director Shore David M. 102587 DNA replication is an essential challenge to every cell. In the eukaryotic kingdom, chromosomes are usually replicated from multiple replication origins. The usage of these replication origins depends on various factors such as the abundance of limiting factors or the accessibility of the origin to these factors. In addition, local activators or repressors can affect an origin's activity. The telomerase inhibitor Rif1 is considered as a negative regulator of origin firing. In this study we try to elucidate the mechanism of this regulation. Furthermore, we try to localize the replication origins where Rif1 inhibits origin firing. We also compare Rif1's negative regulation of origin firing to that of other proteins, many of which are also involved, like Rif1, in telomere biology. Finally, we use the innovative cell sorting / deep sequencing method (sort-seq) to compare replication dynamics in different genetic backgrounds without introducing potential artefacts caused by cell-cycle synchronization. Abstrait La réplication de l'ADN est un défi essentiel pour toutes les cellules. Dans le règne eucaryote, les chromosomes sont normalement répliqués à partir de plusieurs origines de réplication. L'utilisation de ces origines dépend de différents paramètres tels que l'abondance des facteurs limitant ou l'accessibilité des origines de réplication. De plus, des éléments additionnels à l'instar des régulateurs locaux positifs ou négatifs peuvent influencer l'activité des origines de réplications. L'inhibiteur de la télomerase Rif1 est considéré comme un régulateur négatif de l'activation des origines de réplication. L'objectif principal de ce projet est de tenter mieux comprendre par quel mécanisme Rif1 inhibe l'activation des origines de réplication. Puis nous essaierons de localiser les origines de réplication régulées par Rif1. Enfin nous comparerons l'activité inhibitrice de Rif1 sur l'activation des origines de réplication avec celle d'autres protéines impliquées dans la biologie des télomères. Nous utilisons une méthode innovatrice qui combine le tri cellulaire par cytométrie en flux et le séquençage à haut débit (sort-seq) pour comparer la dynamique de la réplication au sein de différents fonds génétiques. Cette méthode nous permet d'étudier la dynamique de la réplication sans l'introduction d'artefact potentiel par la synchronisation des cellules Replication Telomere biology Replication origins Replication dynamics Dewey 570 43 Département de biologie moléculaire 161 false 813 Groupe Shore 3a44355a-dffa-4f05-afa0-3c98c14ce377 Master thesis Restricted Master thesis Lukas Hafner final version.pdf 5776659 application/pdf Private 2016-05-22 restrictedAccess Faculté des sciences / Section de biologie / Département de biologie moléculaire

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Molecular Dissection of the Spatio-Temporal Regulation of DNA Replication in Saccharomyces Cerevisiae				2015	246	10

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Hafner, Lukas