Apport des technologies de séquençage de nouvelle génération dans le diagnostic des infections ostéoarticulaires pédiatriques

Diplôme Thèse Apport des technologies de séquençage de nouvelle génération dans le diagnostic des infections ostéoarticulaires pédiatriques fre 2026-08-18 author Sbampato Viola 0009-0009-5797-6382 443897 director Ceroni Dimitri 33105 Département de Pédiatrie, Gynécologie et Obstétrique (PETRI) 37 10.13097/archive-ouverte/unige:195755 urn:nbn:ch:unige-1957558 Méd. 11366 Les infections ostéo-articulaires pédiatriques nécessitent une identification rapide et précise du pathogène afin d’orienter l’antibiothérapie. Les cultures conventionnelles, bien qu’elles constituent la méthode diagnostique de référence, présentent une sensibilité limitée, notamment après une antibiothérapie préalable ou en présence de germes fastidieux. Cette thèse évalue l’apport du séquençage de nouvelle génération, particulièrement du séquençage métagénomique de nouvelle génération (SMNG), dans le diagnostic des infections ostéo-articulaires. Une revue systématique avec méta-analyse incluant 35 études et plus de 3 000 patients a comparé le SMNG aux cultures conventionnelles. Le taux global de détection était nettement supérieur avec le SMNG (81 %) qu’avec les cultures (35 %). Le SMNG permet également d’identifier des pathogènes rares, fastidieux ou polymicrobiens. Malgré ses performances prometteuses, son coût, le risque de contamination, l’hétérogénéité méthodologique et l’absence de standardisation limitent actuellement son utilisation. Le SMNG constitue donc un outil diagnostique complémentaire prometteur, notamment lors d’infections complexes ou à cultures négatives. Osteoarticular infection Culture-based techniques Nucleic acid amplification assays Metagenomic next-generation sequencing Infections ostéo-articulaires pédiatriques Séquençage métagénomique de nouvelle génération (SMNG) Séquençage de nouvelle génération (SNG) Diagnostic microbiologique Culture microbiologique Dewey 616 56 Département de médecine 221 false https://doi.org/10.1016/j.ijid.2026.108380 ce4de44e-e7c5-447a-8477-8e5f6b4cf0ca Thesis Public THESE_final_to_upload.pdf 2778609 application/pdf c59b955936d066030d77a23160f160901c62bb9507a799de98209997666bb23a 1e442194-aa1e-4c9f-9ccb-b5a7040a5377 Imprimatur Public SBAMPATO_Viola_11366_-_Imprimatur_f.pdf 114386 application/pdf 434254dfc37391166a11418e38c6e1359ad0078adb1d6359e21a9780ccd0dab7 openAccess Faculté de médecine / Section de médecine clinique / Département de médecine

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Apport des technologies de séquençage de nouvelle génération dans le diagnostic des infections ostéoarticulaires pédiatriques				2026	1	0

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