La biologie du naturaliste ontologique, spécifique et descriptive fait place à la biologie moléculaire expérimentale et centrées sur l'explication des mécanismes sous-jacents au milieu du XXe. Une nouvelle biologie de l'information émerge et transforme la discipline de référence, alors que la transposition didactique et les changements de pratiques sont encore en cours pour le paradigme expérimental. Le développement de l'argumentation scientifique et l'identification des dimensions scientifiques de questions de société, la capacité à intégrer les connaissances des biosciences dans les processus de décision peinent à être introduits dans des programmes sous-dotés d'une discipline qui voit la somme de savoirs à transmettre s'accroitre chaque année. D'autre part la surabondance d'information biologique qui inonde les élèves et la nécessité citoyenne de les former à des compétences d'intelligence informationnelle (trouver, sélectionner, évaluer, synthétiser dans des formes socialement reconnues) posent de nouveaux défis à l'enseignement de la biologie.