Les caractéristiques (distributions de taille, composition, associations, etc...) des colloïdes aquatiques naturels ainsi que leur dynamique ont été étudiées dans deux systèmes aux conditions trophiques très différentes : les lacs de Brienz et Léman, respectivement ultra-oligotrophe et mésotrophe. Cette étude interdisciplinaire a été réalisée avec un large panel de techniques modernes ("single particle counter", microscopie électronique à transmission), développées ou améliorées pour certaines d'entre elles au cours de cette thèse. Dans les deux systèmes, les résultats ont montré que les colloïdes pouvaient avoir une influence sur la production lacustre en jouant sur la dynamique de la turbidité ou sur les concentrations de nutriments disponibles. Inversement, les productivités primaire et secondaire peuvent également modifier les caractéristiques et la dynamique des colloïdes, en particulier leur agrégation, respectivement par le biais d'une production accrue de substances organiques d'origine phytoplanctonique et d'une ingestion par certaines espèces de zooplancton.