La notion de préférence est centrale à l'analyse des politiques publiques et de la coordination dans les sciences sociales. Les préférences des acteurs sont censées déterminer, pour partie, choix et comportements. Ainsi, comprendre la formation des préférences éclaire les potentiels impacts d'instruments de politiques publiques ou de designs institutionnels sur les comportements. Pourtant, d'importantes zones d'ombre subsistent dans la littérature comme le soulèvent les débats autour de la mesure des préférences et de leur interdépendance avec le contexte décisionnel. Par exemple, certains avancent que les préférences sont fonction de l'objectif visé et d'autres qu'elles dépendent du réseau social dans lequel s'inscrit un acteur. Cet article contribue à ces débats en prenant le cas de la gestion de l'eau dans le Canton de Bâle en Suisse. Si le questionnement théorique semble large, notre intention est avant tout empirique et concrètes. En conséquence, nous adoptons une approche inductive offrant des réponses à : comment mesurer les préférences fondamentales alors que leur observation directe s'avère complexe dans le cadre de l'hypothèse de rationalité limitée ? Pour illustrer cette difficulté pratique, selon l'hypothèse de rationalité limitée l'observation d'un choix pour un instrument de coordination ne rend pas directement compte de la préférence fondamentale de politique publique d'un acteur. La seconde principale question de la recherche porte sur l'association des préférences des acteurs avec les éléments du contexte décisionnel de l'acteur. En particulier, nous apprécions l'affiliation professionnelle et la perception des problèmes. Nous le faisons de manière simultanée afin de ne pas nous positionner a priori dans le débat fonctionnalisme versus approches relationnelles. Au final, nous montrons que l'analyse en composantes principales constitue un outil simple et intéressant pour identifier des préférences fondamentales à partir de choix observables. Dans notre cas nous identifions quatre préférences génériques à partir de choix en faveur d'instruments de coordination (i.e. subvention) et organisationnels (i.e. contrat, participation du privé). Ensuite, nous montrons que ces préférences s'associent de manière plus significative avec l'affiliation professionnelle des acteurs qu'avec leur perception des problèmes à résoudre en priorité.