Depuis la guerre en Irak et l'implosion de la Syrie, une littérature grandissante s'efforce d'expliquer par le confessionnalisme l'apparition de nouvelles idéologies et formes de mobilisations politiques, ainsi que la violence au Moyen Orient. Ces écrits tournent autour de deux théories : les conflits confessionnels contemporains seraient la suite du schisme dans l'islam qui remonte au viie siècle ou le résultat de facteurs exogènes, par exemple les interventions militaires étrangères. Dans cet article je montre d'abord les limites des théories qui tentent actuellement d'expliquer le confessionnalisme, puis je propose d'inscrire celui-ci dans la continuité historique des conflits religieux dans l'Empire ottoman, reproduisant les polarisations et les violences de masse entre les millets ottomans. En proposant une lecture sur la longue durée de la question confessionnelle, nous pourrons redéfinir avec plus de précision certains concepts politiques et sociologiques comme « nation », « religion », « état » ou « laïcité » utilisés dans les études sur les sociétés du Moyen-Orient.