Ce manuscrit de thèse présente les aspects fondamentaux du couplage de l'électrophorèse capillaire (CE) à la spectrométrie de masse (MS). Dans le premier chapitre une revue complète des différentes sources d'ionisation employées pour coupler la CE à la MS et leurs interfaces respectives est donnée. Le deuxième chapitre présente les résultats obtenus sur l'évaluation d'un prototype d'interface sans liquide additionnel à embout poreux pour l'analyse de petites molécules pharmaceutiques en ESI positif. Le chapitre trois est dédié à l'évaluation de l'électrophorèse capillaire en milieu non-aqueux (NACE) dans le cadre des interfaces CE-MS pour l'analyse de différents composés pharmaceutiques en ESI négatif. Le quatrième chapitre est consacré à l'influence des paramètres liés au couplage CE-ESI-MS sur la distribution de charges des protéines, et plus particulièrement sur l'utilisation d'agents dit « superchargeants » via l'interface avec liquide additionnel. Le chapitre cinq regroupe les conclusions et les perspectives de ce travail.