Les récents progrès de la chimie analytique instrumentale (chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem ; LC MS-MS) permettent de mettre en évidence plusieurs composés xénobiotiques à l'état de trace (du ng/L à quelques centaines de ng/L) dans les eaux du Léman ainsi que dans la chair des poissons. Ces substances proviennent en partie d'un usage médical, mais également d'une production industrielle dans le bassin versant, de leur utilisation en agriculture (phytosanitaires) ainsi que de l'emploi quotidien de formulations qui font appel à la chimie ; agents anticorrosion, antibactériens, hydrofuge, retardateurs de flamme, cosmétiques, etc. L'interprétation des risques environnementaux ou humains liés à la présence indésirable de ces composés est délicate du fait du peu de données disponibles, d'évaluations ou d'études dans le domaine de ces micropolluants dits « émergents ». Les filières de traitement de 11 stations de potabilisation de l'eau du Léman sont décrites. Les résultats montrent que l'ozone et la filtration sur lits de charbons actifs sont des traitements efficaces et deviendront impératifs, dans le futur, pour éloigner ces substances étrangères de l'eau potable même si la législation actuelle ne régule que les phytosanitaires. Une veille analytique soutenue dans le bassin versant et les eaux du lac suivie d'une information au public devrait être mise en place pour que l'instauration de traitements appropriés dans les STEP conjuguée à un usage plus raisonné de ces micropolluants réduise, à l'avenir, les quantités de ces composés indésirables dans notre environnement.