Une analyse génétique de 124 échantillons de populations d'Afrique subsaharienne, et une synthèse des théories d'affiliation des langues africaines sont mises à contribution dans un essai de reconstruction de l'histoire du peuplement de ce continent par l'Homme moderne. Les différenciations génétiques actuellement observées entre les populations, pour trois systèmes indépendants, correspondent très étroitement aux relations suggérées par la linguistique entre les quatre grands phyla niger-congo, afroasiatique, khoisan et nilo-saharien. Le scénario de peuplement proposé d'après l'ensemble de ces résultats, étayé par certains témoignages archéologiques, suggère une occupation initiale relativement récente de l'Afrique de l'Est par les Afro-Asiatiques. Les populations khoisan et nilo-sahariennes auraient successivement peuplé le sud de l'Afrique et le Sahara; les Ouest-Africains, puis les Bantous, se seraient quant à eux différenciés à partir d'un groupe protoniger- congo. Ces hypothèses sont discutées dans la problématique controversée des origines de l'Homme moderne et en rapport avec les documents de la paléontologie.