Cette thèse a pour objet l'analyse des métabolites polaires impliqués dans les cascades biologiques et représentants un intérêt dans la compréhension des systèmes biologiques (cibles thérapeutiques, étude des mécanismes pathologiques). La préparation des échantillons cellulaires est évaluée et les métabolites sont extraits de plusieurs sources (végétales, animales, humaines). Des approches analytiques complexes telles que la chromatographie liquide (LC) couplée la spectrométrie de masse (MS) sont nécessaires afin de séparer les métabolites polaires. Des instruments hybrides de haute et basse résolution sont utilisés dans des études de quantification à la fois relative et absolue des métabolites polaires. Une approche métabolomique alliant l'aspect qualitatif et quantitatif (QUAL/QUANT) est évaluée à l'aide d'une récente technique d'acquisition appelée SWATH-MS. Les thèmes liés aux modes d'acquisitions dépendants et indépendants des données sont discutés.